Bioclipse
| Bioclipse
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 Sequenzalignment | |
| Basisdaten
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| Maintainer | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) |
| Entwickler | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) |
| Erscheinungsjahr | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) |
| Aktuelle Version | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) (Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value)) |
| Aktuelle Vorabversion | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) (Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value)) |
| Betriebssystem | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) |
| Programmiersprache | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) |
| Kategorie | Bioinformatik |
| Lizenz | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) |
| bioclipse.net | |
Bioclipse ist eine freie und Open-Source-Software für Bio- und Chemoinformatik. Sie basiert auf der Eclipse Rich Client Platform und wurde am 11. November 2005 veröffentlicht.
Funktionsweise[Bearbeiten]
Als Eclipse-Plugin werden Einstellungen, Hilfe, Updates und Weiteres von Eclipse übernommen. Seit der ersten Version ist das Chemistry Development Kit enthalten, ein Jmol-Plugin zur 3D-Visualisierung von Molekülen und ein BioJava-Plugin für Sequenzanalyse.<ref>Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L. Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, Peter Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl ES Wikberg: Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 8, Nr. 1, 2007, ISSN 1471-2105, S. 59, doi:10.1186/1471-2105-8-59, PMID 17316423.</ref> Später kamen eine Anbindung an die statistische Programmiersprache R<ref>Ola Spjuth u. a.: {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value). In: {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value). Band 29, Nr. 2. Oxford University Press, Oxford 2013, S. 286–289, PMC 3546796 (freier Volltext).</ref> mit StatET und eine Erweiterung um OpenTox<ref>Egon L. Willighagen u. a.: {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value). In: {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value). Band 4. BioMed Central, 2011, S. 487, PMC 3264531 (freier Volltext).</ref> hinzu. Weitere Funktionen umfassen Pharmakologie und Pharmaforschung sowie das Semantic Web für Biowissenschaften. Die Bioclipse Scripting Language (BSL) ist eine Scripting-Umgebung, die auf JavaScript und Groovy basiert. Sie wurde 2009 mit Version 2 eingeführt und ermöglicht die Weitergabe von Bioclipse-Analysen.<ref>Ola Spjuth, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Martin Eklund, Stefan Kuhn, Carl Mäsak, Gilleain Torrance, Johannes Wagener, Egon L. Willighagen, Christoph Steinbeck, Jarl ES Wikberg: Bioclipse 2: A scriptable integration platform for the life sciences. In: BMC Bioinformatics. Band 10, Nr. 1, 2009, ISSN 1471-2105, S. 397, doi:10.1186/1471-2105-10-397, PMID 19958528.</ref>
Bioclipse wird in Kooperation der Proteochemometric Group, Universität Uppsala und des Cheminformatics and Metabolism Teams um Christoph Steinbeck am European Bioinformatics Institute entwickelt und beinhaltet Bestandteile anderer wissenschaftlicher Einrichtungen wie der Universität Leiden, des Karolinska-Instituts und der Universität Maastricht. Die Entwicklung wird durch die International Bioclipse Association unterstützt. Es steht unter der Schirmherrschaft des Blue Obelisk Projektes.<ref name="JofCh"></ref>
Weblinks[Bearbeiten]
Einzelnachweise[Bearbeiten]
<references />