CG-Suppression

Methylierung und Desaminierung von Cytosin zu Thymin

Die CG-Suppression (oder CpG-Suppression) bezeichnet eine niedrigere Häufigkeit von CpG-Dinukleotiden, vor allem in den Genomen von Wirbeltieren.<ref name="Kahl">Guenter Kahl: The Dictionary of Genomics, Transcriptomics and Proteomics. John Wiley & Sons, 2015, ISBN 978-3-527-67866-2, S. 272.</ref>

Eigenschaften[Bearbeiten]

In somatischen Zellen sind Cytosine in der DNA überwiegend methyliert, bei CpG-Dinukleotiden meistens auf beiden DNA-Strängen.<ref name="Law JA, Jacobsen SE">Vorlage:Cite book/URL Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung2</ref> Methylierte Cytosine neigen zur spontanen Desaminierung. Die auf eine Methylierung folgende Desaminierung zu Thymin mindert die Häufigkeit von CpG-Dinukleotiden bei methylierter DNA. Dabei entsteht aus dem CpG ein TpG.<ref name="Human Genome Sequencing and Analysis">Vorlage:Cite book/URL Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung Vorlage:Cite book/Meldung2</ref> Dadurch entsteht eine Häufung von TpG im Genom und, auf dem komplementären zweiten DNA-Strang, seinem komplementären Gegenstück CpA.<ref name="Forsdyke">Donald R. Forsdyke: Evolutionary Bioinformatics. Springer, 2016, ISBN 978-3-319-28755-3, S. 356.</ref>

Bei einer Desaminierung von unmethyliertem Cytosin entsteht dagegen Uracil, welches im Zuge der DNA-Reparatur wieder korrigiert wird. Unmethylierte CpG-Dinukleotide kommen überwiegend in CpG-Inseln vor, methylierte CpG-Dinukleotide dort nur selten.

Da der GC-Anteil menschlicher DNA bei etwa 42 % liegt, wäre bei gleichmäßiger Verteilung eine Häufigkeit von 0,21², entsprechend 4,41 % zu erwarten. Aufgrund der CG-Suppression kommen CpG-Dinukleotide zu weniger als 1 % im Genom vor.

Literatur[Bearbeiten]

Y. Iwasaki, T. Abe, N. Okada, K. Wada, Y. Wada, T. Ikemura: Evolutionary changes in vertebrate genome signatures with special focus on coelacanth. In: DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes. Band 21, Nummer 5, Oktober 2014, S. 459–467, doi:10.1093/dnares/dsu012, PMID 24800745, PMC 4195492 (freier Volltext).

Einzelnachweise[Bearbeiten]