Auf der ITF Junior Tour erzielte Ymer vielversprechende Ergebnisse. Er gewann im Einzel vier Titel und erreichte bei mehreren Grand-Slam-Turnieren der Junioren die zweite Runde. In der Junior-Rangliste kletterte er bis Rang 5 im Jahr 2013.
Elias Ymer spielt bei den Profis hauptsächlich auf der ATP Challenger Tour. Er konnte am Anfang seiner Karriere im Jahr 2014 fünf Einzeltitel auf der ITF Future Tour feiern. Sein Debüt auf der ATP Tour gab er im Juli 2013 bei den SkiStar Swedish Open in Båstad, für die er eine Wildcard erhielt; in der ersten Runde des Hauptfeldes verlor er die Partie gegen Grigor Dimitrow trotz starker Leistung und dem Gewinn des ersten Satzes mit 7:5, 2:6 und 4:6. Im Oktober desselben Jahres gab er sein Debüt für die schwedische Davis-Cup-Mannschaft im Relegationsspiel gegen Dänemark. Dank seinem Sieg in der fünften Partie gegen Martin Pedersen schaffte sein Team den Verbleib in der Kontinentalgruppe I. Ein Jahr später war es wieder Ymer, der mit seinem Sieg gegen den Letten Jānis Podžus den Verbleib in der Kontinentalgruppe I sicherte.
2016 gewann er mit seinem Bruder Mikael die Doppelkonkurrenz in Stockholm. Die beiden standen dank einer Wildcard im Hauptfeld.