AMBER
| AMBER
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| Basisdaten
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| Maintainer | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) |
| Entwickler | University of California, San Francisco: Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker |
| Erscheinungsjahr | 2002 |
| Aktuelle Version | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) (Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value)) |
| Aktuelle Vorabversion | Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value) (Lua-Fehler in Modul:Wikidata, Zeile 1703: attempt to index field 'wikibase' (a nil value)) |
| Betriebssystem | Unix (Linux<ref name="Amber17Manual">Amber 2017 Reference Manual. (PDF) Abgerufen am 29. Juli 2017.</ref>), MacOS<ref name="Amber17Manual" /><ref name="Ambertools">AmberTools17 is now available. Abgerufen am 29. Juli 2017.</ref> und Cygwin<ref name="Amber17Manual" /> |
| Programmiersprache | C, C++ und Fortran 90<ref>Download Amber MD. Abgerufen am 10. Januar 2019.</ref> |
| Kategorie | Simulationssoftware |
| Lizenz | Amber: proprietär (Industrie: $20.000<ref name="obtain">How to obtain the Amber16 program package. Abgerufen am 25. Juni 2017.</ref>; Hochschulen: $500<ref name="obtain" />) AmberTools: GPL, public domain, andere open-source |
| deutschsprachig | ja |
| ambermd.org | |
Assisted Model Building with Energy Refinement (AMBER) ist ein Programm für molekulardynamische Berechnungen (MD) von (biologischen) Makromolekülen wie Proteinen und DNA. Weiterhin wird mit AMBER eine Reihe von Kraftfeldern in Verbindung gebracht.
AMBER-Kraftfeld[Bearbeiten]
Das Kraftfeld AMBER ist neben den CHARMM- und GROMOS-Kraftfeldern heute eines der am meisten verwendeten und wird von einer Reihe von weiteren Programmen wie beispielsweise NAMD unterstützt.<ref name="phillips2005scalable">James C Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D Skeel, Laxmikant Kale, Klaus Schulten: Scalable molecular dynamics with NAMD. In: Journal of Computational Chemistry. Band 26, Nr. 16. Wiley Online Library, 2005, S. 1781–1802, doi:10.1002/jcc.20289.</ref> Die Kraftfelder werden dabei kostenlos mit AmberTools zum Download bereitgestellt.
Weblinks[Bearbeiten]
- AMBER-Website (englisch)
- Amber16 und AmberTools17 Manual (englisch)
- AMBER-Tutorials (englisch)
- VMD (englisch) – Visualisierung von AMBER-Trajektorien
Einzelnachweise[Bearbeiten]
<references />