1275 wurde Dreibrunnen als «Tüffenbrunnen, Tiunbrunnen» erstmals erwähnt.<ref name="HLS" /> Der Name Dreibrunnen ergab sich aus den drei Wasserquellen, die in der Nähe entspringen.<ref name="Kirchgem" />
Gegründet wurde Dreibrunnen durch die Grafen von Toggenburg, welche die Kirche und den zugehörigen Hof 1289 dem Kloster Rüti schenkten. 1330 wurde Dreibrunnen als Pfarrkirche dem Kloster Rüti inkorporiert.<ref name="HLS" /> Die Marienkirche besass selbstständiges Recht, war Pfarrkirche für die damals zugeteilten Höfe Trungen 47.479679.02232
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}} und teilweise Mörikon 47.483469.00853
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}} und dem Bistum Konstanz unterstellt.<ref name="Kirchgem" /> Ab dem 15. Jahrhundert wurde die Kirche durch einen Vikar aus Wil betreut.<ref name="HLS" />
Nach der Aufhebung des Klosters Rüti wurde Dreibrunnen 1526 von Zürich an das Spital von Wil verkauft. Vermutlich in dieser Zeit setzte die Wallfahrt ein, nachdem die spätgotischeMarienstatue von Rüti nach Dreibrunnen überführt worden war. 1672 wurde die Kirche als Barockbau umgestaltet; dabei wurde das Gebäude um ein Joch nach Westen erweitert und der Chorraum neu gebaut. 1761–1763 wurde der Innenraum im Rokoko-Stil umgestaltet. 1763 übernahm die Kirchgemeinde Wil das Gebäude. 1884 erfolgte eine Innenrenovation, 1898–1899 der Bau der Säulenvorhalle (beides durch den ArchitektenAugust Hardegger) und die Umgestaltung des Dachreiters. 1932–1933 wurde eine Wallfahrtspfründe und ein Pfrundhaus gebaut. 1936 wurde der Innenraum renoviert und eine Kirchenheizung installiert; im gleichen Jahr baute Franz Gattringer (1887–1944) aus Rorschach eine neue Orgel mit 16 Registern auf zwei Manualen und Pedal. 1943 und 1955–1956 erfolgten Aussenrenovationen, und 1964–1965 eine Gesamtrestauration durch den Wiler Architekten Lukas Peterli (Sohn des Künstlers Karl Peterli), bei der die bis dahin vorhandene Kanzel mit Holztreppe an der Nordwand des Innenraumes entfernt und eine neue Orgelempore mit Treppenaufgang in Beton-Bauweise sowie in dunklem Schmiedeeisen ausgeführte Treppengeländer und Gittertür gebaut wurden. Seit der Restauration 1964–1965 steht die Kirche unter Denkmalschutz. 1979 wurde eine neue Ölheizung für die Kirche installiert. 1984 erfolgte eine Aussenrenovation, 1986 eine Innenrenovation durch die Wiler Architekten Paul Holenstein und Willy Stieger, bei der ein neuer Zelebrationsaltar von Rudolf Gruber (Wil) im Altarraum aufgestellt wurde.<ref name="HLS" /> 2019 wurde eine weitere Renovation durchgeführt, bei der das Gewölbe mit dem Deckengemälde restauriert, das Kirchendach aussen saniert und eine neue Gas-Warmluftheizung eingebaut wurde.<ref>Sara Petrillo: Renovierungsarbeiten in der Wallfahrtskirche Maria Dreibrunnen.St. Galler Tagblatt, 19. Dezember 2018, abgerufen am 23. Juni 2026.</ref> Im Vorfeld des Orgelneubaus 2024 wurden zwischen März und Mai 2024 der Emporenbereich saniert und die Orgelempore umgebaut und statisch verstärkt.
Seit 1646 besteht ein Beerdigungsrecht für die Bevölkerung von Trungen auf dem kleinen Friedhof an der Süd- und Ostseite der Kirche.<ref name="Kirchgem" /> Maria Dreibrunnen ist ein Baudenkmal von nationaler Bedeutung<ref name="HLS" /> und wird als Wallfahrtskirche und Teil der katholischen Pfarr- und Kirchgemeinde Wil für liturgische Anlässe, Orgelkurse und Konzerte genutzt.<ref name="Kirchgem" />
1967 erbaute Orgelbau Graf (Sursee) eine Orgel mit 12 Registern auf zwei Manualen und Pedal, unter Verwendung von Pfeifenmaterial aus dem Vorgängerinstrument von Franz Gattringer aus dem Jahre 1936. 1980 und 2004 erfolgten Revisionen des Instruments durch Mathis Orgelbau. Bedingt durch starken Schimmelbefall befand sich das Instrument zuletzt in einem schlechten technischen und klanglichen Zustand und wurde 2024 abgetragen. Die Disposition der Graf-Orgel:<ref>Bronschhofen, Maria Dreibrunnen. In: Orgelverzeichnis Schweiz und Liechtenstein. 2024, abgerufen am 23. Juni 2026.</ref><ref name=":0" />
I Hauptwerk C–g3
Holzflöte<ref>Pfeifenmaterial aus der Gattringer-Orgel (1936).</ref>
8′
Praestant<ref>C–f1 im Prospekt.</ref>
4′
Harfpfeife<ref>Pfeifenmaterial aus der Gattringer-Orgel (1936); 1967 Harfpfeife 8′, 2004 von Mathis Orgelbau in 4′ umgebaut.</ref>
4′
Waldflöte
2′
II Rückpositiv C–g3
Kupfergedackt
8′
Koppelflöte<ref>C–H im Prospekt.</ref>
4′
Superoktave<ref>C–d0 im Prospekt.</ref>
2′
Sesquialtera II<ref>Ab c0. Ursprünglich Terzian II 13⁄5′ + 11⁄3′ (1967); 2004 von Mathis Orgelbau in Sesquialtera II (22⁄3′ + 13⁄5′) umgebaut.</ref>
22⁄3′
Scharf III<ref>Ursprünglich 4-fach (1967); der höchste Chor wurde 2004 von Mathis Orgelbau stillgelegt.</ref>
1′
Pedal C–f1
Untersatz<ref>Pfeifenmaterial aus der Gattringer-Orgel (1936).</ref>
16′
Flötbass<ref>D–cis0 im Prospekt.</ref>
08′
Zinke<ref>Mathis 2004, anstelle von Kornettbass 4′ (1967).</ref>
08′
Koppeln (mechanisch, als Tritte): II/I, I/P, II/P. Mechanische Drehknopfkombination. Zwei Tritte «Kombination an» und «Kombination ab».
Hansjörg Gerig: Zum Orgelbauer Franz Gattringer. In: Bulletin OFSG der St. Galler Orgelfreunde, 31. Jg., 2013, Nr. 5, S. 9–19 (Digitalisat; PDF; 5,5 MB).
Johannes Huber: Wallfahrtskirche Maria Dreibrunnen bei Wil SG. Wallfahrtsrektorat Maria Dreibrunnen, Bronschhofen 1998.
Kommission Orgel Maria Dreibrunnen (Hrsg.): Neue Orgel Maria Dreibrunnen: Orgelweihe und Festakt am 08. September 2024. Broschüre. Bronschhofen 2024.
Martin Welzel: Die Mathis-Orgel (2024) in der Wallfahrtskirche Maria Dreibrunnen. In: Bulletin St. Galler Orgelfreunde 44, Nr. 2 (2026), S. 4–6 (Digitalisat; PDF, 8,7 MB).
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